חברי המכון למחקרי ביטחון לאומי INSS התריעו בפני ראש הממשלה, נפתלי בנט, שהתועלת של עסקת קצא"א פחותה משמעותית מהסיכונים האסטרטגיים שהיא מציבה. הרמטכ"ל לשעבר, גדי איזנקוט, אמר בדיון סגור שהשכל הישר קובע שיש צורך בבחינת התועלות מההסכם.
במסמך מופיעים שורה של נימוקים להקפאת ההסכם: חשש לפגיעה מצד איראן או מעזה במכליות הנפט, סכנה למתקני ההתפלה, אי קיום הליך מנהלי ממשלתי תקין טרם אישור ההסכם וכן פגיעה ביחסי החוץ של ישראל עם מצרים.
עוד קובע המסמך שהתועלת של עסקת קצא"א פחותה משמעותית מהסיכונים האסטרטגיים והסביבתיים שהיא מציבה והאם נכון שנפט שלא משמש את אזרחי ישראל יסכן אותם?
עוד טוכני כותבי המסמך שהעסקה ממצבת את ישראל כמדינה המעודדת שימוש בדלקים מאובנים, בניגוד למגמה העולמית למאבק במשבר האקלים וכי העסקה לא מתיישבת עם מחויבותה של ישראל לקהילה הבינלאומית ועם האינטרס הכלכלי והבינלאומי ארוך הטווח של ישראל להשתלב בשיח האקלימי המהווה כרטיס כניסה לעולם החדש.
טענה נוספת היא שביטול העסקה לא ירע את היחסים עם איחוד האמירויות. עמדה המאפיינת גם את משרד החוץ. במכון סבורים שנזק אפשרי ליחסי החוץ עלול לבוא דווקא ממצרים שכן צינור קצא"א מתחרה בצינור שמוליך נפט מהים התיכון לים האדום שקיים כבר 40 שנה.